En 1049 y siguientes, la comunidad de San Miguel convertida en Priorato, regido por un prior dependiente del abad de San Millán de la Cogolla, queda sujeto a la regla de la orden benedictina.
En 1610 el monasterio sigue en pie como priorato dependiente de San Millán, aunque con menos religiosos que en épocas anteriores.
En 1750, según el catastro del Marqués de la Ensenada, Pedroso es barrio de Belorado, cuenta con 43 vecinos con 200 habitantes censados, que rinden cuentas con Belorado, y San Miguel, que tiene alcalde propio, nombrado por el prior, tiene censados 8 vecinos con 40 habitantes, que lo hacen con el priorato.
En 1780 se hace el apeo, deslinde y amojonamiento de la jurisdicción y términos del Priorato de San Miguel con Belorado, Ezquerra y Puras.
En 1820, 3 de septiembre, se promulga un reglamento para dirigir las subastas para la enajenación las fincas del Priorato de San Miguel de Pedroso, procedentes del extinguido Monasterio de San Millán de la Cogolla.
En 1821, 6 de abril, el contador principal del crédito público dicta un auto para la tasación, subasta y enajenación de las fincas del del Priorato de San Miguel de Pedroso. El alcalde del priorato se da por enterado del edicto y suplica a la Junta Nacional ayuda para evitar el abandono y desaparición del pueblo.
En 1822, 23 de abril, Benito Soto Muñoz, vecino de Redecilla del Campo, pujó en la subasta 720.250 reales, a la vez que informaba que actuaba en nombre de José de Ocio, vecino de Bilbao, auténtico y legítimo comprador.
En 1923, 1 de octubre, Fernando VII, el Deseado o el Rey Felón, es repuesto en el trono. Ese mismo día publica un decreto anulando las ventas consumadas en el proceso desamortizador del periodo liberal, restaurándose en sus posesiones a los monasterios y conventos suprimidos, devolviéndose a la Iglesia los favores por su apoyo al monarca.
En 1923, José de Ocio, legítimo comprador del priorato, fue despojado del título y su propiedad devuelta a los frailes benedictinos, siendo su abad fray Bartolomé San Miguel, residente en San Millán.
En 1844 Fray Beda de Palomares, último prior de San Miguel, queda como párroco de la iglesia monasterial hasta su muerte en 1854.
En 1854 Don Dionisio España se encarga de las dos iglesias: la monasterial y la del Pedroso, conocida como Santa María la Blanca.